Herramientas Bioinformáticas

BioScienceApp: Herramientas Bioinformáticas

Encuentra aquí las bases de datos científicas que hemos organizado para el trabajo que necesites. BioScienceApp te ofrece los link de enlace directo.

METAGENÓMICA

FASTQC

Programa para el análisis de calidad de archivos fastq:

https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/

TRIMMOMATIC

Programa usado para la limpieza de secuencias:

https://github.com/timflutre/trimmomatic

TRIM_GALORE

Programa usado para la limpieza de secuencias:

https://github.com/FelixKrueger/TrimGalore

METASPADES

Programa para ensamble de metagenomas:

http://cab.spbu.ru/software/spades/

MEGAHIT

Programa para ensamble de metagenomas:

https://github.com/voutcn/megahit

IDBA_UD

Programa para ensamble de metagenomas:

QUAST

Programa para revisar la calidad de diferentes ensambles:

https://github.com/ablab/quast

PROKKA

Programa de anotación de ensambles metagenómicos:

https://github.com/tseemann/prokka

METAPHLAN2

Programa para la clasificación taxonómica:

https://huttenhower.sph.harvard.edu/metaphlan

KRAKEN

Programa para la clasificación taxonómica:

http://ccb.jhu.edu/software/kraken2/index.shtml?t=downloads

KAIJU

Programa para la clasificación taxonómica:

http://kaiju.binf.ku.dk/

 

ANÁLISIS DE SIMULACIONES DE DINÁMICAS MOLECULARES

VMD

Programa para visualizar y analizar dinamicas moleculares.

Tambien permite crear imagenes, videos y transformar dinamicas de un formato a otro.

https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/

 

Anaconda (conda)

Permite crear y administrar diferentes entornos de python e instalar facilmente librerias de python.

https://www.anaconda.com/products/individual

 

NumPy

Modulo de python para algebra lineal

https://numpy.org/

 

SciPy

Modulo cientifico de python, contiene librerias para funciones comunes como medir distancias.

https://www.scipy.org/

 

Pandas

Modulo de python para trabajar con tablas

https://pandas.pydata.org/

 

Matplotlib

Modulo de python para hacer graficos

https://matplotlib.org/

 

Seaborn

Modulo de python que funciona como una extension de matplotlib para graficos

https://matplotlib.org/

 

MDTraj

Modulo de python para leer y escribir trayectorias de dinamicas moleculares

https://mdtraj.org/

 

MDAnalysis

Modulo de python de analisis de dinamicas moleculares

https://www.mdanalysis.org/

 

ProDy

Modulo de python para calcular analisis de componentes principales. Se puede usar en conjunto con VMD.

http://prody.csb.pitt.edu/

PyEMMA

Modulo de python para analizar dinamicas moleculares utilizando modelos de Markov.

http://emma-project.org/