Herramientas Bioinformáticas y el SARS-CoV-2 | COVID-19

 

Conoce lo que BioScience-App ha recolipado sobre el COVID-19

Recursos que apoyan la investigación del SRAS-CoV-2. Aquí proporcionamos recursos útiles para el análisis bioinformático y genómico para SARS-CoV-2 (COVID-19). Con el tiempo, y dependiendo de la respuesta de la comunidad, publicaremos recursos adicionales. Le pedimos que verifique el material y dé su opinión si olvida algo o tiene alguna sugerencia de mejora.Para comentarios, preguntas o solicitudes sobre servicios bioinformáticos específicos: Aquí

 
 

Herramientas de análisis



- Beast2
Cuantifica la dinámica epidemiológica en tiempo real basada en genomas virales y datos de casos confirmados

- Covid-19 Scenarios
Herramienta de planificación de la salud pública para los brotes de COVID-19 en comunidades de todo el mundo.

- Nextstrain
Seguimiento en tiempo real de la evolución del genoma coronavirus e informes periódicos

- V-pipe
Detección de la variación genética dentro del huésped del SARS-CoV-2 a partir de datos virales secuenciados por NGS.

- CoV-Hipathia
Análisis e interpretación de vías de señalización del SARS-CoV-2. Esta herramienta web implementa un modelo mecanicista de señalización humana para la interpretación de las consecuencias de los cambios combinados de los niveles de expresión génica y / o mutaciones genómicas en el contexto de las vías de señalización.

- ARTIC network Pone a disposición un conjunto de materiales para ayudar a los grupos en la secuenciación del virus, incluyendo un conjunto de primers, protocolos de laboratorio, tutoriales de bioinformática y conjuntos de datos, centrado principalmente en el uso del secuenciador portátil Oxford Nanopore MinION.
 
 

Immunoinformatics



- COVep
Predicciones de epítopos de células T CD8 y CD4 por coronavirus


Drug Design



- SwissDrugDesign
Amplia colección de herramientas web basadas para apoyar todos los aspectos del diseño de medicamentos asistidos por computadora (CADD) y que se pueden usar para abordar COVID-19.

- DrugBank
Base de datos de fármacos en estudio para combatir el COVID-19, además podrá encontrar los blancos terapéuticos utilizados, ensayos clínicos y las publicaciones científicas relacionadas.

- SARS-CoV-2
Análisis inicial de los datos COVID-19 utilizando Galaxy, BioConda e infraestructuras públicas de investigación.

- Disease Maps and text mining for drug prediction
El conocimiento de alta calidad combinado con la minería y el modelado de texto automatizados pueden guiar la investigación de perfiles de medicamentos.

- PHARMGKB
Recursos terapéuticos para el COVID-19.


 
 

Bases de datos



- SARS-CoV-2 Sequencing Resources
Recopilación multinacional de información, documentación, protocolos y otros recursos para laboratorios de salud pública que tengan la intención de secuenciar muestras de coronavirus SARS-CoV-2. Por Duncan MacCannell de la Oficina de Detección Molecular Avanzada (AMD) en los Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades (CDC).

- Onramp Bio
Proporcionar acceso abierto a ROSALIND, una plataforma de descubrimiento y colaboración, para compañeros científicos que deseen unirse a un esfuerzo comunitario para compartir, descubrir y acelerar nuestra comprensión colectiva de Coronavirus.

- BU-ISCIII / SARS-Cov2_analysis
Información recogida por la Unidad de Bioinformática del ISCIII. Este repositorio contiene toda la información que recopilada sobre el análisis bioinformático de SARS-Cov2.

- Cellosaurus
Página de información actualizada con frecuencia sobre las líneas celulares útiles para el estudio del SARS-CoV-2.

- COVID-19 Integrated Knowledgebase
Proporcionar acceso a datos integrados de diversas fuentes pertinentes para la investigación sobre el SARS-CoV-2.

- COVID literatura dataset
Literatura anotado automáticamente relacionado con COVID-19.

- COVID social media dataset
Conjunto de datos de charla de Twitter con clasificación automatizada.

- GlyConnect
Información de glicosilación de la proteína de espiga COVID-19 producida a partir de proteínas recombinantes.

- HAMAP
Family profiles y reglas de anotación para la detección y anotación de betacoronavirus.

- neXtProt
Información acerca de proteínas humanas que se unen al SARS-CoV-2.

- PROSITE
Perfiles y patrones para la detección y anotación de proteínas SARS-CoV-2 y homólogos.

- SIB COVID-19 Integrated Knowledgebase
Proporciona acceso a datos integrados de varias fuentes relevantes para la investigación sobre el SARS-CoV-2.

- SIBiL S/COVoc
Servicios de búsqueda y minería de texto para apoyar el triaje literario de contenidos relacionados con coronavirus.

- UniProtKB/Swiss-Prot
Conocimiento de las secuencias de proteínas del SARS-CoV-2 y cómo funcionan en una liberación temprana.

- ViralZone
Información biológica, incluida una comparación detallada con el genoma del virus del SARS, así como enlaces cruzados con recursos complementarios.

- Comparison of COVID-19 trajectories worldwide
BIIT es un grupo de investigación centrado en bioinformática, minería de datos, análisis de imágenes y soluciones de datos de salud electrónica. Su trabajo se centra en el análisis de datos ómicos y el desarrollo de nuevos métodos y aplicaciones para facilitar el análisis de datos para el público en general.

 
 

Computational Structural Biology



- SWISS-MODEL
Modelos de homología tridimensional y enlaces a estructuras experimentales del PDB para proteínas SARS-CoV-2.


Genomics



- NCBI Virus Portal de la comunidad de datos de secuencias virales de RefSeq, GenBank y otros repositorios NCBI.

- COVID-19 Disease Map
Comparten recursos y mejores prácticas para desarrollar un mapa de la enfermedad de COVID-19. Con el objetivo de establecer un mapa de mecanismos centrados en las interacciones huésped-patógeno, específicos del virus SARS-CoV-2.

- CoV2ID
Evalúa los métodos moleculares para la detección del SARS-CoV-2 y tratamientos del COVID-19. La base de datos evalúa las secuencias de oligonucleótidos disponibles (primers PCR, sondas RT-qPCR, etc.) considerando la diversidad genética del virus. Las alineaciones de secuencias actualizadas se utilizan para verificar constantemente la eficiencia teórica de los métodos de prueba disponibles. También se dispone de información detallada sobre los protocolos de detección disponibles para ayudar a los laboratorios que implementan las pruebas del SARS-CoV-2.

- Breaking-Cas
Diseño interactivo de ARN guía para experimentos CRISPR-Cas para genomas ENSEMBL en BioinfoGP CNB, con los genomas SARS-CoV-2.


Genomics analysis sequence
Centrifuge indexes including SARS-CoV-2 Kraken2 index including SARS-CoV-2 MetaMaps index including SARS-CoV-2 Kmers unique to SARS-CoV-2 Complete and public SARS-CoV-2 genome assemblies as a batch Multiple sequence alignment (MSA) of complete SARS-CoV-2 genome assemblies